A instalação de aplicativos que tenham sido empacotados (compilados) para uma distribuição (como são chamados os diversos 'sabores' do Linux) diferente da sua costuma ser um processo bem mais complexo, trabalhoso e até mesmo arriscado, do que simplesmente empregar os pacotes preparados especificamente para a distribuição que você escolheu.
O Linux é um software livre (open source) mas isso não quer dizer que ele seja gratuito e os aplicativos desenvolvidos para ele costumam ser compatíveis com qualquer distribuição. Apesar disso, quando alguém os "empacota", formando uma nova distribuição - como o Ubuntu ou Debian - pode incluir configurações que geram dependências diferentes daquelas características básicas. Por esse motivo, os procedimentos para instalar softwares compilados de uma distribuição em outra podem falhar.
Exemplo disso é quando um software é configurado para que uma determinada biblioteca (arquivos de suporte aos aplicativos que a sua distribuição usa) fique gravada em um diretório específico, ou que um determinado arquivo de configuração esteja disponível. Se você forçar instalar versões instáveis em um sistema estável, você pode deixar o sistema inteiro instável e funcionando mal.
As distribuições são como um pacote de software que inclui o Kernel (núcleo do sistema operacional, no caso o próprio Linux), mais um conjunto de aplicativos. Em geral, cada distribuição tem seu foco ou público-alvo. Existem aquelas voltadas para uso em servidores, desktop, aplicações escolares, científicas, para quem está migrando do Windows, etc.
Não existe uma distribuição principal ou mais importante. Mas algumas distribuições são mais utilizadas do que outras, dentre as quais destacamos o Debian, SuSE, Fedora, Kurumin, Ubuntu, Mandriva, Gentoo, Slackware e Red Hat.
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